宋元丰元年（1078），蒙城县令王竞始建庄子祠，苏轼为记：“庄子蒙人也，尝为蒙漆园吏。没千余岁而蒙未有祠之者，县令、秘书丞王竞始作祠，求文以为记……。”此祠堂建于涡河北岸漆园故址，主要建筑有逍遥堂、梦蝶楼、观鱼台等。每年祭祀，从未间断，至明朝天顺年间被洪水淹没。《庄子祠堂记》收在《苏东坡全集》中。

明万历8年（1580），知县吴一鸾于县城东关重建。重建的庄子祠堂规模宏大，颇为壮观。有逍遥堂、梦蝶楼、卷篷各三间，道舍三间，鱼池桥一座。左为梦蝶楼，右为观鱼台。逍遥堂居中，堂中塑庄周像，每年春秋祭祀。明崇祯5年（1632），知县李时芳重修逍遥堂，增建五笑亭，辟池为庄子濠上观鱼园，并新撰《新修庄子祠记》，刻碑立于祠内。门前立丈余高的石碑，镌刻“庄周故里”四个大字。

现存庄子祠是蒙城县政府在宋代庄子祠旧址上新建的，总占地面积52亩，总建筑面积1086平方米，全祠由祠堂建筑群与万树园两部分组成。主要建筑有大三门、影壁、山门、逍遥堂、古衡门，濮池、五笑亭、观台、观鱼桥、梦蝶楼、南华经阁、东西碑廊、道舍、客舍等。